从此兵家三大流派出世，彼此在乱世中互为厮杀，表面上看，是权谋克技巧，技巧克形势，形势克权谋。可一旦有人领悟到任意一篇秘诀内的阴阳变化之理，就将生克易位，翦伏群雄，将相持不下的混乱时局归于一统。
庞涓嫉贤妒能、心胸狭窄，与孙膑二虎相争，终于惨死在马陵道，而孙膑则在齐国成就了功名，著书立说，使兵家技巧广为流传；苏秦出山后居赵国相位，提出“合纵抗秦”之说，并兼六国相印，以形势之利压制强秦，一时间威风八面；直至张仪做了秦国大夫，推行权谋之术，远交近攻，使苏秦的“合纵”坦荡无存，也为秦国最后统一国家奠定了雄厚基础。春秋争霸的历史，终于落下了帷幕，然而历史的车轮滚滚向前，三大兵家流派的明争暗斗也才刚刚开始。
东汉末年，汉室衰微，豪强并起，有官宦世家公子，沛国谯郡人，姓曹名操字孟德，生而颖悟，倜傥不凡，少年时有机变之才，然而性喜任侠，游荡无度，不修品行学业，众皆谓之难成大器。
某日，一位苍髯老叟漫步街前，恰见曹操鲜衣怒马，驺从如云，拥簇过市。老叟目送而去，惊呼：“真国器也，安天下者必为此人，吾当教之！”当即登门求见曹操之父曹崇，当面说明来意，自称为“通玄真人”，曾于春秋古冢中窥得竹简言情，此乃兵家不传之秘，得者翻手成云，覆手为雨，因于街中视曹操气宇不凡，故此愿倾囊相授。
曹崇见这老叟容貌奇古、谈吐非俗，不敢怠慢，转日就命曹操拜其为师，并嘱之：“自今以往，唯师命是听。”从此老叟与曹操独处一室，却并不谈经讲史，而是循循善诱，如有弓箭，即以技射教之；如有管弦，即以音律教之，随其所欲，引今证古加以开导，虽然事近嬉戏，而智识渐开，不出数年，已能熟诵群经诸史，又据其禀性授以兵法权谋，曹操尽测其蕴。
后值世事动荡，天下将乱，各方招募披甲持戈之士。曹操素有野心，自知精熟兵家权谋，足以带甲百万，与天下群雄争锋，急于到军前建功，又恐恩师再将“兵家秘诀”转授他人，成己之敌，便暗图窥得阴阳奥妙之后下毒加害。那老叟看出曹操用心不善，自恨养虎成患，当即翩然离去，从此不知所终。
曹操悔之无及，但木已成舟，也只好出仕为官，并在镇压黄巾军的过程中崭露头角，迅速从群雄逐鹿的乱世中脱颖而出，逐次歼灭北方各个割据势力，平定了中原，挟天子以令诸侯。建安十三年，曹操占据江陵，统率八十三万人马水陆并进，欲图统一南北，与孙刘联军对峙于赤壁，大战一触即发。
赤壁之战，双方实力悬殊，以孙刘数万联军，难挡百万曹军雷霆之锋。但深谋远虑的曹操却感到处境极其不利，在营中昼夜难安：一来北兵不服南方水土，军中爆发疫情，士卒多有死者；二来马超、韩遂尚在关西，有后患未除；三是刚刚占据的荆州士民听命于曹军，也只是暂时受兵势所迫，而非诚心归服。此数者皆为用兵之大忌，而孙刘联军虽然仅有数万之众，却凭借天险地势扼守，诸葛亮、周瑜之辈，尤为精通兵家形势技巧，尚能以寡敌众，如果曹军不能一战成功，恐怕将会陷入腹背受敌之绝境。
所谓“一着棋错，满盘皆输”。曹操虽然多谋善断，当此局面也不禁束手无策，迟迟不敢挥师南下，眼看隆冬已近，军中粮草接济不上，兵士已无厮杀之心，形势对曹军更为不利。
且说曹操置身危局，心中焦躁烦恼，食不甘味，一日亲自率众前往江边勘察敌情，忽然大雨骤至，波浪汹涌，水流犹如滚汤一般紧急，江中沉沉浮浮似有两条蛟龙相争，不时有血水涌出，曹操见状甚觉古怪，指之询问究竟。
曹操部下立刻找来知情的当地土人，禀告道：“此非江中之蛟，而是两只巨鼋。那江鼋生来性独，只因窥此处江底洞穴渊深，都欲据此为巢，故而时时相争，数十年来难分上下，每次都是两败俱伤。”曹操闻言默然不语，他麾下猛将如云，个个带着诛龙斩虎之威，皆有力敌万夫之勇，众将见曹操面有愁容，就纷纷上前请命道：“丞相勿虑，容我等下水斩此妖孽！”随即搭一艘战船入水，乱箭齐射，江鼋见有敌来袭，竟然不再争斗，同时掉头撞击战船。
曹操窥觑江面良久，蓦地生出一计。兵家权谋之道，讲求审情定机，揣情摩意，不难看出这二鼋为争一穴互相缠斗，不死不休，遇着外敌时又能结阵以求自保，正同孙刘联军一般，古人言：“鹬蚌相争，渔人得利。”如今赤壁之战难操必胜之券，荆州定而未稳，不如暂且收兵，留下荆州为饵，使孙刘两家反目成仇，令其自相残杀消耗实力，待到我军踏平西北，再来扫荡江南，岂不如踏平地一般？曹操当即决定，要舍去一时之浮名，建立不世之奇功，于是主动露出败象，自行焚烧大营平息疫情，同时收兵北退。
孙刘联军趁势追击，但曹军有虎豹骑精锐断后，实力未受重创，天下由此形成了三足鼎立的局面。
蜀吴两方没能识破曹操的诡计，果然因为争夺荆州失和，而曹操却利用这一时机，西征击溃了以马超为首的关中诸军，又消灭了汉中张鲁，对西蜀和东吴构成了战略压制，构筑了整个魏国基础。
孙权用计夺取荆州，害死了关羽，刘备兴兵讨伐东吴为关羽报仇，结果被火烧连营兵败亏输，病死于白帝城，东吴也元气大伤，一蹶不振，不得不向曹操称臣。
曹操利用兵家权谋之术，彻底驾驭了天下形势，眼看大局已定，不免目空海内，但他还不想废献帝自立，声称：“纵然天命在我，我也只愿意做周文王。”只是没想到螳螂捕蝉，黄雀在后，当年的老叟已另觅传人司马懿，并授以阴阳权谋之道。此人擅长韬光养晦，在曹操死后屡次进献巨谋奇策，灭蜀平吴，成为了全盘掌控魏国朝政的权臣，曹魏江山终于落入了司马氏囊中，从此三分归晋，“兵家秘诀”也暂时在历史大轮回中销声匿迹。
元朝末年，官府统治黑暗腐败，终于大局糜烂，不可收拾。各地百姓不堪残暴压榨，纷纷揭竿而起，群雄相争，尚不知鹿死谁手。
当时有名士施耐庵，生而好学，博古通今，他痛恨元帝残暴，常年游走四方，联络各地义军，谋划抗元大业。
某日，施耐庵被元兵追捕，独自逃入深山，结果迷失道路，环视四周，所见尽是危石奇峰，绝无人迹，心里甚是惶恐，莽莽撞撞地走了半天，途中见有一个少年乞丐饿倒于路边，眼看就要饿死了。
施耐庵心地仁厚，便将身边仅有的半块干粮给他喂下。那乞丐跪地感谢救命之恩，然后与施耐庵二人结伴寻找出山的路径。走到深夜里，发现山林中有座破庙，两人身上又饿又冷，凄惶之际，只好栖身在破庙泥胎中过夜。
施耐庵刚刚睡着，忽听庙里窸窸窣窣有脚步声响起，他以为是元兵追至此地，大气也不敢出，从泥胎缝隙里偷眼观瞧，就见两位赤瞳黄衫客，正在灯烛下对弈，身后各有侍童数人，执意甚恭。
施耐庵担心惹祸上身，不敢露面，继续藏身在泥胎中窥探，却听那两位黄衫客纵论古今得失成败，言辞古意昂然，高谈阔论，无不尽中机宜，再看棋局间往来纵横，似乎暗合兵法，神妙无方，常人难测其奥。
施耐庵大为叹服，知道是遇到了世外高人，连忙从泥胎中爬将出来，拜见那二位黄衫客，恳请收纳为徒，传授兵法古术，用以匡扶天下。