与蒂斐娅公主完成计划中的会面后，费恩将自己所知的一部分情报告诉公主，推理出了瓦尔伯利亚是王党渗透到摄政派内部的间谍，而入侵王宫的诸多傀儡士兵代表王立巫师学院已经倾向王党。病床上的巴格国王在这场诡异的行刺中身亡，王党的军队随后在天际拂晓之前兵临城下，现实中所发生的一切都像是预先布置好的阴谋，战争的脚步在人们有所察觉之前便悄然而至。

就此，历史上的紫罗琳内战如期爆发。费恩向蒂斐娅公主兑现了自己在信中所许的承诺，从炉火之剑的契约世界中召唤出自己的高原铁骑军队护送公主杀出王城，利用自己前世的作战经验与王党的军队周旋，逐渐聚合了从隆斯特平原过来的援军，并选择了一个合适的战场与王党一派的军队展开决战。

决战的过程非常艰难。圣堂教会的秘银骑士团受教皇的密令，于这场战争中站在了王党一方。面对骑士团与王党的联军，费恩和蒂斐娅公主的军队险些崩盘——然而就在双方即将两败俱伤之时，影辉骑士韦尔西迪斯的个人军队、碧蓝港佣兵领袖阔努什的雇佣兵团、从布尼格斯率领青荆藤英灵军团而来的阿罗约以奇兵的姿态抵达了战场。

胜利的天平因此逐渐倾向了费恩和蒂斐娅公主。王党和秘银骑士团的联军最终战败，紫罗琳内战一事中暴露出紫罗琳王党、圣堂教会和牧魔教之间私底下的一些猫腻引起了费恩的重视，但他短时间内没有精力去追查这些线索，因为黑暗联盟的大军紧随其后也伴随大魔潮的降临攻入了紫罗琳王国的北境，游戏历史中的魔潮战争于此正式开始了。

黑暗联盟的力量十分强大，费恩、蒂斐娅公主、决心介入战争的曙风城城主门罗、韦尔西迪斯和战后有所醒悟的一部分秘银骑士团成员于紫罗琳内战之后团结起来抗击来自北方的亡灵军队，人类国度的英雄们在费恩的帮助下于战争初期取得了一定程度的优势，成功减缓了黑暗联盟南下入侵的速度，但仅凭紫罗琳王国的一国之力还远远不足以在战争中获取最终的胜利。

于是，经过一系列的商议，蒂斐娅公主在费恩和阿罗约等人的支持下在战争前线紧急加冕成为了紫罗琳王国的女王，然后以王国密使的身份踏上了前往法恩坦帝国的路，致力于说服那座庞大的人类帝国在战争初期就加入战争，以免导致费恩这一世的人类国度重蹈上一世时的覆辙。

费恩和阿罗约率领的密使团于半个月后进入法恩坦帝国境内，抵达了帝国的首都，并在帝国境内遇到了许多费恩颇有印象的人物，例如法恩坦帝国的小皇帝阿莱克修斯二世、帝国的宰相莫索罗尼、圣堂的教皇麦德鲁斯。

这时候的法恩坦帝国正陷在一片暗潮涌动的政治局势之中，帝国宰相莫索罗尼、教皇麦德鲁斯和效忠小皇帝阿莱克修斯的诸多贵族们在这片复杂的局势中形成了一个三方对峙的局面，而费恩一行人不出意外地卷入到了这场权力漩涡中。

最终，这场权力的斗争在一场规模巨大的军事政变中落下了帷幕，莫索罗尼宰相窥视皇座的野心伴随他的性命一同在刑场上逝去，心智成熟的小皇帝在众臣的簇拥下夺回了属于自己的皇权，可没人能够想到圣堂教会的麦德鲁斯教皇事实上早已死亡，多年以来一直以教皇形象出现在人们眼中的圣堂教皇竟然是牧魔教中威望最高的牧首——无面人。

就这样，身份暴露的无面人在帝国境内的牧魔教徒和将灵魂出卖给亡灵的玛格达鲁大公的协助下全身而退，丢下一众信仰崩溃的圣职者们离开了在军事政变中化作废墟的圣安东尼大教堂。经由这一事件，费恩不久后在紫罗琳女王蒂斐娅和法恩坦皇帝阿莱克修斯二世的支持下展开了心中筹划已久的宗教改革，推举提亚马苟斯大教堂的马绍尔主祭在魔潮战争期间成为教会的临时教皇，同时配合两国的女王和皇帝拓宽战场，借助帝国强大的军事力量布置接下来的战略计划。

命运的轨迹经由费恩的努力出现了与上一世不同的转机，然而一切的真相还远不止众人目前所知的样子。随着圣堂教会的宗教改革步入尾声，古代的法师蕾斯塔妲、巴别塔的两位共治巫王西蒙和图库卜突兀降临，告知费恩和莉莉丝说，巫王怀特除了为第四纪元留下了黑曜石法典以外，还曾做出过一个与当前形势完全吻合的预言，将这个预言以一本魔法笔记的形式留在了巴别塔内。

西蒙说费恩和莉莉丝是预言中明确提到的重要人物，最终说服费恩暂且将眼下的事务托付给了阿罗约，然后兑现了曾向莉莉丝许下的诺言，和西蒙一行人踏上西行的旅途，穿越荒原的过程中顺手了却半兽人骑士伯格罗的遗愿，将改革之后的圣堂教义带给了一个名叫血吼氏族的半兽人部落，之后走出荒原的范围进入沙漠，在沙漠的尽头抵达了巴别塔。

当西蒙在沙漠的尽头为众人打开进入巴别塔内的魔法之门后，莉莉丝再一次出现记忆暴走的反应，很快因精神衰竭而陷入昏迷，第二天在塔内的一间书房内醒来后告诉众人说她想起了自己过去的名字——梅恩莉丝·阿斯托维尔·银月——与第三纪元的半精灵巫王怀特同姓，是巫王怀特亲手制作出来的一具最完美的魔偶，在遥远的历史中曾是巫王的“女儿”，巴别塔中唯一的魔偶公主，其脑海中的魔法知识则直接来自巫王的传承。

巴别塔是诸神在第一纪初留下的造物，其原本藏于空间裂缝中，于第三纪被巫王怀特首次发现并转移至陆地上，塔内的每个楼层布满魔法结界，皆由一个亚位面构成，并藏有连通异位面的传送门，不同楼层的内部折射出不同位面的场景，目前所知的楼层与折射场景对应的关系如下：

地下一层，类深渊位面场景，连通深渊位面；

地上一层，类主位面场景，连通费尔迪亚大陆（即巴别塔入口）；

地上二层，类元素位面场景，连通气/土/水/火四大元素的元素位面；

地上三层，类死之国场景，连通死之国位面（传送门未激活，需要由死之国的原住民解除封印）；

地上四层，类似时空混乱的虚空场景，连通时空裂缝（传送门未激活，需要由诞生于当前时代之前的费尔迪亚原住民解除封印）。

四层以上未知，也没有在塔内找到通往巴别塔第五层房间的魔法阶梯。

恢复记忆的莉莉丝于第三纪元的历史中被巫王怀特制作出来，因此她被凡世的法则算作是诞生于第三纪元的构状体生命，拥有前往巴别塔第四层打开时空裂缝的能力。

为了从过去的时代找到巫王，并从巫王口中获知预言的全部内容，费恩和莉莉丝穿越时空裂缝来到第三纪元的费尔迪亚大陆，经历过一系列旅途中的冒险事件后终于抵达历史上的巴别塔，并在第三纪元的巴别塔中找到了过去的半精灵巫王怀特。