舒尔哈齐明目张胆地树立个人的权威，逐渐构成了对努尔哈赤地位的挑战，两人的关系也日益紧张，在诸贝勒共同参加的会议上，两人常因意见相左而激烈争吵，努尔哈赤开始意图除去他这个潜在的对手。

舒尔哈齐和褚英、代善护佑蜚悠城500户人口投奔努尔哈赤，乌拉贝勒布占泰得知消息后，立即带领一万骑兵赶来拦击，双方军队摆出了交战的阵势。但这时，舒尔哈齐却带着自己属下的五百人退到了一边，他不想破坏与姻亲的友好关系。只有褚英、代善率军英勇奋战，舒尔哈齐只在一边观看，他的部下常书、纳齐布也没有加入战斗。正是由于舒尔哈齐的消极退避，最后褚英、代善虽然打败乌拉骑兵，但是没能给以致命打击。努尔哈赤借此机会，准备将他的下属常书、纳齐布以临阵脱逃的罪名处死，以剪除他的左膀右臂同时也是杀鸡儆猴。舒尔哈齐的反应十分强烈，说杀他们就是等于杀我，誓不低头，努尔哈赤妥协了，对常书予以经济处罚一百两黄金，剥夺了纳齐布军权，并且从此以后剥夺了舒尔哈齐指挥军队的权利，将他排挤出了最高军事领导层。

万历三十五年(1607年)，舒尔哈齐的地位一落千丈，变成了一个有名无实的人物，他痛感自己与努尔哈赤势难并存。于是，他与长子阿尔通阿，三子扎萨克图商议，图谋另立门户，与兄长分庭抗礼。

于是舒尔哈齐带着几个儿子和少数部下来到了铁岭东南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，开辟新的根据地。而黑扯木临近明朝的军事重镇铁岭，可以直接依靠明朝的军事保护，在他的东面又与乌拉部落接邻，能随时得到盟友的援助。

舒尔哈齐开始与努尔哈赤越来越疏远，转而靠近明朝了。李成梁看到这一分化女真的大好机会，于是火上浇油，故意挑起矛盾冲突。他上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领，这是明朝在辽东地区设立的最高地方军事长官。

舒尔哈齐欲带部下离开努尔哈赤是分裂之举，等于在努尔哈赤的卧榻之侧又多了一个酣睡者，若听之任之则如同纵虎归山，多了一股敌对势力不说，对自己手下人也起了潜移默化的不良示范。

思前想后，一直举棋不定的努尔哈赤顿起杀心，他决定一不做、二不休“快刀斩乱麻，”在权力与亲情的抉择中，努尔哈赤选择了前者，一场同室操戈的阴谋剧缓缓拉开帷幕。回望历史，不要说类似匈奴单于冒顿、女真豪酋努尔哈赤这样的“蛮夷”残忍弑父屠弟，就连英明神武唐太宗李世民、宋太宗赵光义多干出这样事情，况且努尔哈赤呢，他不是神，他也无奈，他也不能不食人间烟火。？

努尔哈赤首先是责令舒尔哈齐放弃自立为王的念头，在劝说无效的情况下，他断然采取了强硬措施，于万历三十七年(1609年)三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。努尔哈赤余怒未消，仍打算将他的次子阿敏处死，只是在皇太极等人的极力求情下，阿敏才逃过一劫，免于一死，不过他的一半家产被没收。

面对兄长咄咄逼人的姿态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是努尔哈赤的对手。在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐回到了兄长的帐下。但是这次的努尔哈赤对他不再讲兄弟情谊了，舒尔哈齐被囚禁在一间暗室之中，用铁锁锁住，仅有两个孔穴给他送食物。万历三十九年(1611年)八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。

地低成海，人低成王，低调是生存之道，特别是在政治生活中，舒尔哈齐再勇敢、军功再辉煌、能力再超群，但你只能是月亮旁边最亮的星星，你不能取代月亮，因为一个组织只有一个中心，否则你只能陨落在茫茫黑夜中。