锦州西南依次为松山、杏山、塔山城和宁远(今辽宁兴城)重镇，皇太极十分清楚，锦州若破，松山、杏山、塔山三城必定随之而下，宁远则成孤城，整个防线将彻底崩溃。

就在崇祯十三年三月，奴酋皇太极下令，以郑亲王济尔哈朗为右翼主帅，多罗贝勒多铎为左翼主帅，各统八旗兵开赴义州。

不过这次清军并没有直接猛攻锦州，而是在义州境内筑城屯田，一方面等待蒙古、朝鲜随行军到齐，另一方面筹措攻城器具，逐步蚕食锦州外围据点。

锦州守将祖大寿收到探报，立即加急呈送京师，称建奴在外筑城，实则意在锦州，宁锦危急，请求朝廷援军。

然朝廷此时深陷张献忠、罗汝才等人复起一事，中原五省遍地烽火，官军连败，根本无力理会辽东战事。

这一拖就到了四月末，皇太极亲往义州、锦州察看地形和明军态势，并且召集诸王公贝勒大臣商议，最后决定围而不攻，对锦州长期围困，断其饷源、歼其援军，并以此迫使守城明军出降。

济尔哈朗、多铎分别率八旗、蒙古各部与朝鲜联军由远及近，进围锦州，为实现长围久困之计，清军每三月一次轮换，克期修整。

这时杨嗣昌率京营出关督剿农民军，崇祯皇帝刚刚腾出手却又得知辽东战事再起，且锦州危急，立即召集各部院大臣在朝议上商讨方略。

廷臣议论纷纷，主张不一，有人惊慌失措的甚至建议迁往南京，有人主和，但大部分的人都主张重新启用正在狱中的孙传庭，让他督领九边各镇援军驰援锦州。

但崇祯皇帝大为恼怒，觉得自己刚刚将孙传庭下狱，这么短时间内释放有损天威颜面，严令此事不得再提。

不久，蓟辽总督洪承畴上疏，称清人屯兵锦、义两州之间，实为“持久之计“，不可轻视，力主战守双策。

经过激烈的廷议后，崇祯皇帝采纳。

祖大寿据守锦州城，率城内辽兵趁清军立足未稳之际而主动出击，济尔哈朗守成有余却攻伐不足，清军接连小败，且围城不严，所以一直都没能接近锦州城。

其实说是围城，实际上却远远没达到皇太极的预期目的，城内明军甚至都能看着对面清军大营而出来行走，最后再从容自若的回城，这算什么围困。

这种情况一直延续到崇祯十四年的三月份，皇太极下令，命和硕睿亲王多尔衮代替郑亲王济尔哈朗主持围攻大局。

多尔衮率领两白旗到锦州城外，先向诸贝勒参领了解城内外情况，紧跟着便以蒙古八旗、汉八旗、朝鲜兵为先锋，满洲八旗居后，迅速逼近锦州城峘。

多尔衮亲率巴牙喇督战队位于阵后，发下严令，但凡随行军中有溃逃者，八旗兵当立即斩杀。

在这种情形下，清军逐渐疯狂起来，驾着攻城器具数日不断的围攻锦州外城，明军虽然奋力抵挡，但仍然伤亡惨重。

多尔衮因为城内投降明军的泄密而得知锦州火炮射程，他立即改变战术，于明炮火射程之外绕城四面扎营，掘壕堑，设栅木，封锁各条通路，使锦州外援顿绝。

三月底，锦州城东关守将吴八什献关出降，清军继而攻占锦州外城，士气大振，内外形势急转直下，祖大寿向明廷报称：

“锦城米仅供月余，而豆则未及一月，倘狡虏声警再殷，宁锦气脉中断，则松、杏、锦三城势已岌岌，朝不逾夕矣。”