并将之流配至今之灵光，李资谦数个月后病死于流配地；李资谦的党羽也均被流配至远地，李资谦嫁与仁宗之二女也遭到罢黜，但因救急有功，所以仍然特别得到丰厚的赏赐。另一方面，拓俊京在勤王有功后，却仗着功勋而日益嚣张跋扈，仁宗五年（1127年），被流配至岩堕岛（今之今智岛）。

1146年，仁宗驾崩，由太子王晛继位，是为高丽毅宗。毅宗在位期间，贪图游山玩水，亲近文臣，例如许洪材、李复基、韩赖、金敦中等有文采的文臣都受到了宠信。相对地，武臣则受到了疏远甚至歧视。当时高丽王朝的政策本身就是重文轻武的，毅宗的行为更加激化了文臣与武臣之间的矛盾。

1170年，毅宗率群臣出游，到达和平斋。文臣与武臣都随驾出行，但文臣同毅宗一起饮酒对诗作乐，武臣却在外面担任警卫任务。李义方、李高等人武臣对此非常不满，欲尽诛文臣以泄愤。毅宗得知武臣的不满后，为了平息他们的愤怒，到达普贤院之后，特意召武臣中的最高官员大将军李绍膺前来表演五兵手搏戏，以示恩宠，但毅宗宠信的文臣韩赖却当着众人的面羞辱了他。文臣与武臣的矛盾终于爆发，李绍膺、李义方、李高、郑仲夫等武臣发动兵变，尽杀韩赖、金敦中等文臣。李高、蔡元想要弑毅宗，但被梁淑阻止。于是郑仲夫逼毅宗到军器监，太子王祈到迎恩馆。不久武臣们废黜了毅宗，迎翼阳公王晧即位，是为高丽明宗。武臣们大多兼任了文臣在朝廷中的官职，高丽历史进入了武人时代。

1170年，郑仲夫，李义方和李高等几位高丽武臣因不满高丽毅宗和文臣对武官的欺压而发动政变，建立高丽明宗傀儡政权,开始了武人政权的对高丽的统治时期。高丽毅宗被流放。1173年，金甫当发动叛乱，欲拥立毅宗复位。失败后，李义方杀死了毅宗，并且怀疑文臣参与此事，因此迫害文臣。1174年，赵位宠在西京举兵，控制了高丽西北部地区。这次举兵于1176年被镇压。此后武臣掌握了朝中重要机构重房，独占朝中官职，借机扩大了自己的私田，政治、经济地位大幅度提高。武臣政权的建立使尊重门阀观念的高丽社会变质，文臣没有实权，武臣则专断朝政，甚至可以随意废立国王。执政的李义方胁迫王太子娶自己女儿为妃，以增强自己的地位，最终郑仲夫杀死李义方，独揽朝政。

得势的郑仲夫肆意胡为，被庆大升所杀。庆大升为了保护自己的安全，设置了都房，以李义旼为兵事。崔忠献、崔忠粹兄弟杀死李义旼后夺取政权。崔忠献对武臣政权建立以来混乱的社会进行收拾，延续了高丽王朝的门阀观念，提举了寺院势力，镇压农民和奴婢的叛乱，维持了政权的稳定。此时蒙古入侵高丽，崔忠献成功抵御了蒙古的数次进攻。崔忠献之子崔瑀执政时，将首都从开城迁往江华岛，以避开蒙古的兵锋。然而在与蒙古的战争中也削弱了以崔氏为首的武臣政权的实力。最终金俊于1258年杀死了崔竩，将首都迁回开城。武臣政权内部发生冲突，元宗假借元朝的势力，以对抗林衍的武臣政权，最终于1270年杀死了林惟茂，武人时代结束。

武人政权结束后，在高丽元宗统治期间，元朝试图以高丽为跳板征服日本。高丽被迫为元朝提供兵力、兵船、粮草等以为征讨日本作准备，加重了税收。1274年，高丽元宗去世，忠烈王继位。忠烈王向忽必烈提议娶蒙古公主为妻，并迎娶了忽必烈的长女齐国大长公主忽都鲁揭里迷失（即庄穆王后），成了元朝的驸马。此后，高丽君主都成为元朝的驸马，成为惯例。

忠烈王即位的同一年，元朝皇帝忽必烈派忻都、洪茶丘、刘复亨征讨日本，史称文永之役。忠烈王也派遣金方庆率兵三万，协助元朝的军事进攻。元朝、高丽联军曾一度势如破竹，但最终遭到台风的袭击而全军覆没。高丽蒙古战争后，元朝同意高丽保留其传统文化“从其国俗”。忠烈王成为元朝驸马。

1279年，忽必烈计划再次入侵日本，派人在江南造船，并遣使到高丽的庆州道检察兵器。在经历了一系列准备之后，元朝、高丽联军于1281年再次入侵日本，史称弘安之役。忠烈王亲自来到合浦（今庆尚南道昌原市马山合浦区）督战。不过最终联军又遭台风而惨败。忽必烈最终放弃了攻打日本的计划，并在1282年废除了征东行省。1289年，元朝叛乱贵族乃颜的余党哈丹攻入高丽，忠烈王逃往江华岛避难，1291年回到开城。1298年，庄穆王后忽都鲁揭里迷失去世。由于有人怀疑庄穆王后是被谋杀，引发高丽宫廷争斗。忠烈王被迫让位给世子王璋（即高丽忠宣王），自己则被尊为太上王。但由于忠宣王的夫人宝塔实怜公主和高丽王妃集团之间的争斗激烈，忠宣王很快便退位，让忠烈王复位。1290年，应忠烈王的要求，元朝将东宁府归还高丽。

1296年高丽忠宣王王璋与元朝宗室甘麻剌之女蓟国公主宝塔实怜成婚。在各种压力之下，忠宣王于1313年上表请求退位，将高丽王位传给其子江陵大君王焘（高丽忠肃王），并请求册封异母兄江阳公王滋之子延安君王皓（蒙古名完泽秃）为沈阳王世子。元朝接受了他的请求，但要求其返回高丽。忠宣王不得已

蒙古入侵高丽

携王后返回高丽，但次年忠宣王又前往元朝，长期耽留元大都不归。

1317年，由于济州大护军张公允、济州副使张允和的贪婪和暴虐，岛民金成啸发动叛乱，驱逐了岛上的耽罗星主。星主逃往高丽，忠肃王派宋英前往安抚，随即叛党斩为首之人投降。1322年，权汉功等人图谋拥立沈王王皓为高丽王，在慈云寺召集百官上书中书省请愿。随即忠肃王被元英宗叫到元大都，滞留无法归国。而就在此时，高丽的大臣柳清臣、吴潜也上书请求在高丽设置像内地一样的行省，但被元英宗拒绝了。1323年，上王被改流放到朵思麻（安多地区）。同年元英宗被暗杀。忠肃王归国之后，将有在拥立沈王的请愿书上签名的大臣全部罢免官职。1327年，派遣世子王祯前往元大都充当宿卫。此时柳清臣、吴潜再次向元朝使者进谗，诡称忠肃王盲聋喑哑不理政事，但元使通过与忠肃王的谈话消除了这个嫌疑。忠肃王大肆逮捕流放沈王之党，柳清臣也于1329年客死元朝。1330年，忠肃王将高丽王位传给其子忠惠王王祯，自己则前往元大都居住。但由于忠惠王贪于酒色不理政务，继任第二年就被元皇帝叫到元大都。

1330年，忠肃王要求退位后，元文宗让忠惠王返回高丽继承王位，并娶元关西王焦八之女德宁公主为妃。1340年，忠肃王去世。虽然忠肃王讨厌忠惠王，但在临终前仍然以其为继承人，并派李揆前往元朝，请求让忠惠王袭位，元廷最终让忠惠王再次继承了王位。忠惠王时期统治无道，高丽百姓见到忠惠王出行就纷纷逃避。1343年，李芸、曹益清、奇辙等上书中书省，称忠惠王荒淫无道，农历11月，元朝托以告郊颁赦之名，遣大卿朵赤、郞中别失哥等六人出使高丽，诱使忠惠王外出郊迎元使，忠惠王起初以病拒绝，后在大臣高龙普的劝说下不得不郊迎。此时元朝官兵突然袭击了忠惠王的护卫，将忠惠王劫持。以虐待子民为名逮捕了忠惠王宠信的大臣，将他们往元朝。高丽朝廷计划联名上书中书省请求赦免其罪，但大臣们都讨厌他，许多人托故不至，最终没能成功。忠惠王出发的时候，只有裴佺献上一件衣服，没有任何人愿意随行。忠惠王没有到达流放地，次年行至岳阳县突然逝世。

忠穆王继位后由德宁公主摄政，一改先王的弊政，将先王宠信的佞臣全部罢免。同时任命了一些贤臣，并将忠惠王建造的新宫拆毁，改建为崇文馆。对禄科田的制度的弊端进行改革，设立赈济都监救济百姓。闵渍等增修《编年纲目》，下令编纂忠烈王、忠宣王、忠肃王三代的实录。1346年又整治都监。由于元朝奇皇后的族弟奇三万非法夺占他人田地，被下狱死。元朝因此遣使前来调查，罢免了一些官员，并任命王煦为判事，下令整治都监。

1349年开始，高丽同时遭到倭寇的频频袭击。忠定王也对元朝的统治十分不满，经常与近侍通宵戏谑，或者用墨水泼侍学官的衣服以泄愤。他还经常在愤怒中击杀官员，在冬天用冰雪之水和冻饭喂人，因此被官员和百姓讨厌。忠定王的叔父江陵大君王祺很受元顺帝赏识，并且是元朝驸马。得知此事后趁机收买人心，同时倚仗元朝的势力欲夺取王位。

1382年，明朝命故元降将胡拔都深入到东女真地区，招抚当地的女真人等。翌年八月，胡拔都又率部进抵端州，女真首领金同不花降附，高丽命令其大将李成桂率兵出击，双方战于吉州平，女真败退。

明洪武二十一年（1388年），移文告知高丽。高丽国王王禑、门下侍中崔莹密议进攻辽东，守门下侍中李成桂反对无效。是年四月，王禑派左军都统使曹敏修、右军都统使李成桂出兵攻辽。五月，曹敏修、李成桂渡过鸭绿江后，发觉行军困难、粮饷不济，上书要求班师，王禑不听。于是在威化岛回军，回师松都，流放崔莹。六月，王禑退位，其子王昌即位。以李成桂为东北面朔方、江陵道都统使，赐忠勤亮节宣威同德安社功臣之号；八月，都总中外诸军事；十月，兼判尚瑞司事。明洪武二十二年（1388年）十一月，王禑意图复辟，事败，李成桂以明朝称王昌非恭愍王之后而不许入朝为借口，废王昌为庶人，改立高丽宗室王瑶，是为恭让王。王禑流放江陵，王昌流放江华，十二月被诛。恭让王以李成桂为奋忠定难匡复燮理佐命功臣，爵和宁君、开国忠义伯，食邑一千户，食实封三百户，田二百结、奴婢二十口，称中兴功臣，父母妻封爵，子孙荫职。